סמל מוזיאון ארצות המקרא ירושלים שואב את השראתו מסיפור בריאת העולם בספר בראשית, עת הבדיל האל בין מים לשמים וברא את הרקיע, היבשה והימים. את הרקיע מייצג כוכב זוהר המאיר את היקום, הגל מייצג את המים, ואילו הקו המפריד ביניהם, מייצג את היבשה.